La constante afluencia de colonos y mineros hacia la región volvió a sembrar el descontento entre las tribus. Su presencia vulneraba las condiciones del Tratado, sin que el ejército obligara a los recién llegados a abandonar sus intenciones. Es más, de hecho, a partir de 1.864, y especialmente acabada la Guerra de Secesión, los contigentes militares aumentaron en número y capacidad operativa. El Sendero de Bozeman se había convertido, en la práctica, en la ruta mayoritaria camino de los campamentos mineros de Montana. Para proteger las caravanas, el ejército planeó construir una serie de fuertes que sirvieran para mantener suficientemente alejados a las partidas de guerreros que veían como la caza iba a quedar inevitablemente exterminada.
Ante la total vulneración de los acuerdos del Primer Tratado de Fort Laramie, una coalición de sioux, cheyennes del norte y arapahoe, bajo la autoridad del líder oglala Nube Roja, decide hacer frente a los invasores, especialmente desde que, en 1.864, cuatro caravanas -con un total de mil quinientos nuevos colonos- atraviesa la región
partiendo de North Platte River (cerca de la actual ciuda de Casper), pasando por Powder River (próximo a la actual Kaycee), en Wyoming.
Ante la reacción indígena, en 1.865, el General Patrick E. Connor realizó una operación de castigo en el area de Powder River, atacando campamentos arapahoe "no hostiles", pero encontrando una creciente resistencia de los guerreros incorporados en creciente número a la colición.
Ese mismo año, el Gobierno de Washington trata de zanjar el problema dando por firmado un tratado que permitiera la construcción de caminos y fuertes en los territorios nativos. Este tratado "fantasma" nunca fue asumido por los líderes de indígenas de mayor autoridad y representatividad en sus naciones y sólo fue asumido por facciones minoritarias que, en la mayoría de los casos además, ni siquiera fueron realmente informadas de las nuevas claúsulas.
Alentado por la supuesta firma del nuevo acuerdo, otros dos mil colonos se adentraron en el area y el Coronel Henry B. Carrington (de la
guarnición de Fort Reno) fue designado para la construcción de nuevos fuertes, uno de ellos denominado Fort Phil Kearny, situado en Piney Creek (cercano a las actuales ciudades de Buffalo y Sheridan, en Wyoming) y terminado de edificar en junio de ese año.
El 21 de diciembre de 1866, guerreros lakota, cheyennes del norte y arapahoe organizan una emboscada a un destacamento del ejército. Reclamado para auxiliar a una caravana sitiada por algunos de los seguidores de Caballo Loco, el Capitán William Judd. Fetterman, al mando de ochenta hombres se dirige a la zona de Lodge Trail Ridge. Fetterman ignora que casi mil guerreros le esperan escondidos. Desoyendo las órdenes directas del General Carrington, Fetterman comienza la persecución de los presuntos sitiadores de la caravana, cayendo fácilmente en la emboscada y llevando a la muerte al destacamento entero.
Pasado el invierno, ya en 1.867, los ataques de hostigamiento de la coalición india se reactivan. Al llegar el verano, la situación se vuelve cada vez más perentoria para los unidades de tropas destacadas en los fuertes. El uno y dos de agosto los fuertes C. F. Smith y Phil Kearny resisten a duras penas la ofensiva cheyenne.
Las autoridades de militares de Washington comienzan a plantearse seriamente la viabilidad de los fuertes. Las tropas confinadas en sus dependencias, se ven impotentes para asegurar las vidas de los colonos y aun siquiera las propias. La ofensiva de la coalición les ha convertido, en realidad, en rehenes de sus propios puestos de avanzadilla.
La contienda está decidida del lado nativo y, pasado el invierno, sus líderes son convocados para iniciar conversaciones de cara a un nuevo tratado de paz. En agosto de 1.868 el Sendero de Bozeman es clausurado por el ejército, impidiendo que nuevos colonos utilicen la rurta para acceder a los campamentos mineros de Montana.